因为聪明之树被毁，莉莉丝有力回收聪明之果，在无法之下将本身的生命因子和已经结成的生命之果停止置换（也就是想要将这些使徒体内的亚当细胞转化成本身的细胞，同时也将生命之果中的一部分生命因子异化，如许才气够让本身和生命之果具有联络，从而在将来获得这份肉*体【这也是厥后为甚么使徒会把莉莉丝当作亚当的启事】，这个过程要持续千百万年，直到异化结束生命之果才气孵化），并存放于天下各地，本身则进入冰层甜睡，一边养伤一边等候生命之果孵化，诡计东山复兴。
厥后，人类发明了莉莉丝的残躯，并获知了莉莉丝的打算【死海文书，小我以为死海文书是一道精力意念而非真正的笔墨】，诡计通过人类补完让全人类逆袭莉莉丝，获得永久生命的同时，也不再有任何隔阂，详细体例是通过近似妊辰的感化，让全人类的人类认识汇于一体，以莉莉丝为母体，出世而出，代替莉莉丝把握生命之树和黑之月，停止宇宙观光。
第二章打算
当地点星球的生命的潜力被耗尽以后，亚当会将这些卵孵化，通过近似养蛊的体例，遴选出最强的一个，与之融会，从而获得这类生物肉*体的上风，然后重新乘坐月球开端新的旅途。为了便利被亚当融会，这些生命之果所孵化出的生物实际上是混乱的，他们除了寻觅亚当完成补全以外，并没有其他聪明（固然有必然的学习才气，但是没有主观认识）。
固然只要融会了亚当，冯雪的力量便足以超出任何一名使徒，但是要晓得，这个天下的配角，是会开挂的！
亚当是一种特别的类神生命，他能够通过名为“生命之树”的共生植物分散本身的细胞，加快全部生态圈的退化，然后，当某个种族退化到极致，并离开生态圈立于这颗星球的食品链顶端以后，这类生物就会垂垂走向灭亡，而这时，便是亚当收成劳动服从的时候，生命之树会将这一退化到极致的基因封存并凝集该种族的种族认识，化为一枚胚胎，这便是所谓的生命之果，也就是原初的使徒。
亚当愤怒莉莉丝打乱了本身的打算，与莉莉丝停止了一场惊世大战，那场战役能够说是天昏地暗，日月无光，战役中，聪明树被毁灭，黑之月被打上天壳，生命之树重伤，树根化作朗基努斯枪。亚当能量殆尽，落空行动才气的他只好等候使徒从生命之果中觉醒，完成补全从而乘坐月球分开，再次开端循环，而莉莉丝则一样重伤频死，下半身被蒸发。而这一次战役，史称――第一次打击。
不过就算获得了亚当，获得生命之树树根，却还是难点，固然剧院版中进入补全状况的初号机一伸手就将月球轨道上的它招了下来，可天晓得那算不算配角外挂！并且更大的题目是，本身能够获得亚当的时候，生命之树树根朗基奴斯之枪还在南极呢！（原著是八月到玄月，也就是空*天使来临的时候，由碇司令去南极带回第三新东京市的）
随后，统统生命之果的置换完成，并逐步开端孵化，遵循生命之树的法则，停止如同养蛊般的战役，并寻觅亚当（当然了，此时因为体内因子的干系，找的实际上是莉莉丝）。
人类遵循打算，胜利克服了统统使徒，并获得了与莉莉丝融会的权力，因为碇源堂手上具有亚当胚胎并把握着绫波丽，本应作为融会的主体，但初号机通过吞噬力天使，非常刚巧的具有了亚当和莉莉丝的因子，使得碇真嗣一样具有这个资格，最后绫波丽挑选了碇真嗣，也就是《至心为你》的剧情了。（至于新剧院版，除了画风动人以外，我只当那是骗钱的再创作）