朱祜急攻黎丘，六月，秦丰贫困出降；辻车送洛阳。吴汉劾祜废诏命，受丰降。上诛丰，不罪祜。
董宪与刘纡、苏茂、佼强去下邳还兰陵，使茂，强助庞萌围桃城。帝时幸蒙，闻之，乃留辎重，自将轻兵晨夜驰赴。至亢父，或言百官倦怠，可且止宿；上不听，复行十里，宿任城，去桃城六十里。旦日，诸将请进，庞萌等亦勒兵应战。帝令诸将不得出，休士养锐以挫其锋。时吴汉等在东郡，驰使召之。萌等惊曰：“数百里晨夜行，觉得至当战，而坚坐任城，致人城下，真不成往也！”乃悉兵攻桃城。城中闻车驾至，众心益固；萌等攻二十馀日，众疲困，不能下。吴汉、王常、盖延、王梁、马武、王霸等皆至，帝乃率众军进救桃城，亲身搏战，大破之。庞萌、苏茂、佼强夜走从董宪。
岑彭攻拔夷陵，田戎亡入蜀，尽获其老婆、士众数万人。公孙述以戎为翼江王。岑彭谋伐蜀，以夹川谷少，水险难漕，留威虏将军冯骏军江州，都尉田鸿军夷陵，领军李玄军夷道；自引兵还屯津乡，当荆州要会，喻告诸蛮夷降者，奏封其君长。
秋，七月，丁丑，帝幸沛，进幸湖陵。董宪与刘纡悉其兵数万人屯昌虑；宪招诱五校馀贼，与之抿守建阳。帝至蕃，去宪所百馀里，诸将请进，帝不听，知五校乏食当退，敕各坚壁以待其敝。顷之，五校果引去。帝乃亲临，四周攻宪，三日，大破之。佼强将其众降，苏茂奔张步，宪及庞萌走保郯。八月，己酉，帝幸郯，留吴汉攻之，车驾转徇彭城、下邳。吴汉拔郯，董宪、庞萌走保朐。刘纡不知所归，其军士高扈斩之以降。吴汉进围朐。
初，窦融等闻帝威德，心欲东向，以河西隔远，未能自通，乃从隗嚣受建武王朔；嚣皆假其将军印绶。嚣外顺人望，内怀异心，使辩士张玄说融等曰：“更始事已成，寻复亡灭，此一姓不再兴之效也！今即有所主，便相系属，一旦拘制，自令失柄，后有危败，虽悔无及。方今豪桀竞逐，雌雄未决，当各据土宇，与陇、蜀合从，高可为六国，下不失尉佗。”融等召豪桀议之，此中识者皆曰：“明天子姓名见于图书，自宿世博物道术之士谷子云、夏贺良等皆言汉有再受命之符，故刘子骏改易名字，冀应其占。及莽末，西门君惠谋立子骏，事觉被杀，出谓观者曰：‘谶文不误，刘秀真汝主也！’此皆近事暴著，众所共见者也。况今称帝者数人，而雒阳地盘最广，甲兵最强，号令最明，观符命而察人事，它姓殆未能当也！”众议或同或异。融遂决策东向，遣长史刘钧等奉书诣雒阳。先是，帝亦发使遗融书以招之，遇钧于道，即与俱还。帝见钧欢甚，礼飨毕，乃遣令还，赐融玺书曰：“今益州有公孙子阳，天水有隗将军。方蜀、汉相攻，权在将军，举足摆布，便有轻重。以此言之，欲相厚岂有量哉！欲遂立桓、文，辅微国，当勉卒功业；欲三分鼎足，连衡合从，亦宜以时定。天下未并，吾与尔绝域，非相吞之国。今之议者，必有任嚣教尉佗制七郡之计。王者有分土，无分民，自适己事罢了。”因授融为凉州牧。玺书至河西，河西皆惊，觉得天子明见万里以外。
平敌将军庞萌，为人逊顺，帝信爱之，常称曰：“能够托六尺之孤，寄百里之命者，庞萌是也。”使与盖延共击董宪。归圣旨独下延而不及萌，萌觉得延谮己，自疑，遂反，袭延军，破之；与董宪连和，自号东平王，屯桃乡之北。帝闻之，大怒，自将讨萌，与诸将书曰：“吾常以庞萌为社稷之臣，将军得无笑其言乎！老贼当族，其各厉兵马，会睢阳！”庞萌攻破彭城，将杀楚郡太守孙萌。郡吏刘平伏太守身上，号泣请代其死，身被七创；庞萌义而舍之。太守已绝复苏，渴求饮，平倾创血以饮之。