帝使吴兴沈桢说沈充，许觉得司空。充曰：“三司具瞻之重，岂吾所任！币厚言甘，前人所畏也。且丈夫同事，终始当同，岂可中道改易，人谁容我乎！”遂举兵趣建康。宗正卿虞潭以疾归会稽，闻之，起兵馀姚以讨充，帝以潭体味稽内史。前安东将军刘超、宣城内史钟雅皆起兵以讨充。义兴人周蹇杀王敦所署太守刘芳，平西将军祖约逐敦所署淮南太守任台。
初，帝亲任中书令温峤，敦恶之，请峤为左司马。峤乃缪为勤敬，综其府事，时进暗害以附其欲。深结钱凤，为之名誉，每曰：“钱世仪精力满腹。”峤素有藻鉴之名，凤甚悦，深与峤结好。会丹杨尹缺，峤言于敦曰：“京尹咽喉之地，公宜自选其才，恐朝廷用人，或不尽理。”敦然之，问峤：“谁可者？”峤曰：“愚谓无如钱凤。”凤亦推峤，峤伪辞之，敦不听，六月，表峤为丹杨尹，且使觇伺朝廷。峤恐既去而钱凤于后间止之，因敦饯别，峤起行酒，至凤，凤未及饮，峤伪醉，以手版击凤帻坠，作色曰：“钱凤何人，温太真行酒而敢不饮！”敦觉得醉，两释之。峤临去，与敦别，涕泗横流，出阁复入者再三。行后，凤谓敦曰：“峤于朝廷甚密，而与庾亮厚交，未可托也。”敦曰：“太真昨醉，小加声色，何得便尔相谗！”峤至建康，尽以敦逆谋告帝，请先为之备，又与庚亮共画讨敦之谋。敦闻之，大怒曰：“吾乃为小物所欺！”与司徒导书曰：“太真别来几日，作如此事！当募人生致之，自拔其舌。”
太宁二年甲申，公元三二四年春，正月，王敦诬周嵩、周莛与李脱谋为不轨，收嵩、莛于军中，杀之；遣参军贺鸾就沈充于吴，尽杀周札诸兄子；进兵袭会稽，札拒战而死。
帝将讨敦，以问光禄勋应詹，詹劝成之，帝意遂决。丁卯，加司徒导多数督、领扬州刺史，以温峤都督东安北部诸军事，与右将军卞敦守石头，应詹为护军将军、都督前锋及朱雀桥南诸军事，郗鉴行卫将军、都督从驾诸军事，庾亮领左卫将军，以吏部尚书卞壸行中军将军。郗鉴觉得号角无益究竟，固辞不受，请召临淮太守苏峻、兖州刺史刘遐同讨敦。诏征峻、遐及徐州刺史王邃、豫州刺史祖约、广陵太守陶瞻等入卫京师。帝屯于中堂。
有司发王敦瘗，出尸，焚其衣冠，跽而斩之。与沈充首同悬于南桁。郗鉴言于帝曰：“前朝诛杨骏等，皆先极官刑，后听私殡。臣觉得王诛加于上，私义行于下，宜听敦家收葬，于义为弘。”帝许之。司徒导等皆以讨敦功受封赏。
丙申，王含等烧营夜遁。丁酉，帝还宫，大赦，惟敦党不原。命庾亮督苏峻等追沈充于吴兴，温峤督刘遐等追王含、钱凤于江宁，分命诸将追其党与。刘遐甲士颇纵虏掠，峤责之曰：“天道助顺，故王含剿绝，岂可因乱为乱也！”遐惶恐拜谢。
寻阳太守周光闻敦举兵，帅千馀人来赴。既至，求见敦。王应辞以疾。光退曰：“今我远来而不得见，公其死乎！”遽见其兄抚曰：“王公已死，兄何为与钱凤作贼！”众皆惊诧。
王含欲奔荆州，王应曰：“不如江州。”含曰：“大将军平素与江州云何，而欲归之？”应曰：“此乃以是宜归也。江州当人强大时，能立同异，此非常人所及，今睹困厄，必有愍恻之心。荆州守文，岂能不测行事邪！”含不从，遂奔荆州。王舒遣军迎之，沉含父子于江。王彬闻该当来，密具舟以侍之；不至，深觉得恨。钱凤走至阖庐洲，周光斩之，诣阙自赎。沈充走失道，误入故将吴儒家。儒诱充内重壁中，因笑谓充曰：“三千户侯矣！”充曰：“尔以义存我，我家必厚报汝。若以利杀我，我死，汝族灭矣。”儒遂杀之，传首建康。敦党悉平。充子劲当坐诛，村夫钱举匿之，得免；厥后劲竟灭吴氏。