水兵舰队重新编组，打消了各个分舰队，同一建立几个大洋舰队和远洋舰队。承平洋舰队司令李俊，副司令郑彩，下辖一艘宁波级铁甲舰福州号，二十艘改装尼德兰战船，十五艘六号战船，二十艘宝船，舰队司令部驻扎釜山港。
远洋舰队分为四支，别离装备一部分六号战船、二号福船和海沧船，此中胡锐涛带领的西美洲舰队驻扎南进堡，卖力监控火地岛的通道，制止欧洲船只进入承平洋。
为了加强军队的掌控，将其完整与处所当局气力离开，制止相互勾搭的环境呈现，朱聿键还决定建立卖力兵器设备定型和采购配发的总设备司，以及卖力卖力军粮、礼服、被褥等其他物品供应，以及各种物质战时运输战役常储备的总后勤司。
袁宗第被奥妙抽调到青海地区，卖力在青海和乌斯藏昌都地区的渗入事情，这里被分别为西南战区，袁宗第除了统带他的第五军以外，还配属了一个第十六守备军，这个守备军具有一个马队师，全军大部分都是昌都和青海地区的本地人，此中有藏人也有蒙前人，中原人数量不敷三成。
美洲分为北美和南美两个军区，此中北美军区由刘芳亮担负军区司令，驻防他的第二军，以及由印第安师构成的第十和第十一守备军，卖力防区包含冰雪省、哈德逊省、五湖省、本地省、本地省、平原省、大盆地省和墨西哥省。
大西洋舰队司令陈永疆，副司令郑芝豹，下辖一艘宁波级铁甲舰厦门号、十艘一千两百吨级北美纵帆船，二十艘六百吨级北美纵帆船，舰队司令部驻扎科隆港。
交趾省、缅甸省和群岛省做成中南军区，军区司令为李侔，首要驻守第全军和第九守备军，除了卖力本地鉴戒任务以外，还要重视莫卧儿帝国方向的作战。
印度洋舰队司令甘辉，副司令李成喜，下辖三艘宁波级铁甲舰宁波号、泉州号、台州号，十艘四号战船，十艘五号战船，十五艘六号战船，十五艘宝船。舰队司令部驻扎巴达维亚，同时有一部分舰队耐久驻扎南非望南港，以封闭欧洲船只进入印度洋的通路。
能文能武的李信在离任美洲总督以后转入军队序列，成为了南美军区的司令，他掌控着中美省、亚马逊省、南美省和西海省，别的这个军区还统领着承平洋上的诸多岛屿。因为这个军区的戍守压力并不算大，以是没有野战军的序列，李信部下只要以印第安师组建的第十2、第十三守备军，以及由诸多阿兹特克游击队和玛雅游击队整合在一起的第十四守备军。
为了制止政务院各部分与监察司有甚么勾搭，这个监察司与公安司和谍报司一样，专门对朱聿键本人卖力，同时让与当局官员没有多少干系的总参谋部副总参谋长孙传庭担负司长。
浙南五府、福建省包含夷州岛地区、吕宋省、澳北省，以及澳洲大陆上的四个省，包含大沽寨和上海寨都划入中心军区，由总参谋部直领受辖，装备近卫师、第7、第八守备军、第一独立旅和陆军飞艇队，此中第八守备军首要驻守澳北省和澳洲大陆的四个省。
作为唐军的两大兵种之一，水兵也有呼应的窜改，起首是在总参谋部加设一名水兵副总参谋长，由原夷州分舰队司令胡锐波担负，在孙传庭调任监察司，袁崇焕改任军区司令以后，陆军副总参谋长出人料想的由原第二军参谋长戚成友接任。水兵建立水兵司，一样由总参谋部统领，司长由张名振担负。
之前朱聿键但愿用民族主义思惟武装他们的脑筋，让这些官员能够自发的自我束缚，但是现在看来环境不容悲观，是以他决定建立监察司专门对官员的犯警行动停止监控。